關(guān)于再生資源經(jīng)濟(jì)的微觀基礎(chǔ)和運(yùn)行機(jī)制，為避免發(fā)生歧義，這里進(jìn)行界定，主要指再生資源經(jīng)濟(jì)中資源配置方式的變化、微觀主體的塑造、微觀主體之間的經(jīng)濟(jì)關(guān)系和利益互動、經(jīng)濟(jì)組織形態(tài)、經(jīng)濟(jì)行為方式和經(jīng)濟(jì)活動規(guī)則（制度）的變化。由于鮮明的生態(tài)化導(dǎo)向，它與整個經(jīng)濟(jì)系統(tǒng)純粹的價值循環(huán)過程中的微觀基礎(chǔ)是不同的；由于固有的經(jīng)濟(jì)利益訴求，它與生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)（能量）循環(huán)中的微觀基礎(chǔ)不同。另外，也與再生資源經(jīng)濟(jì)系統(tǒng)中層次上的微觀循環(huán)不同。這種微觀循環(huán)是物理意義上的劃分，是技術(shù)層面的課題。再生資源經(jīng)濟(jì)的經(jīng)濟(jì)邏輯在微觀領(lǐng)域如何體現(xiàn)，這是當(dāng)前經(jīng)濟(jì)學(xué)理論研究的事情。

再生資源經(jīng)濟(jì)的理論是對經(jīng)濟(jì)運(yùn)行調(diào)節(jié)時間和方式的變革，即強(qiáng)調(diào)事前調(diào)節(jié)和事后調(diào)節(jié)的統(tǒng)一，這種變革的關(guān)鍵在于找到其微觀基礎(chǔ)和經(jīng)濟(jì)邏輯。可以從三個方面來進(jìn)行：一是對再生資源經(jīng)濟(jì)的產(chǎn)業(yè)模式和經(jīng)濟(jì)形態(tài)的界定；二是探討經(jīng)濟(jì)調(diào)節(jié)方式的實(shí)現(xiàn)形式；三是對再生資源經(jīng)濟(jì)中微觀主體（包括個體和組織）的經(jīng)濟(jì)行為、經(jīng)濟(jì)關(guān)系進(jìn)行研究。從經(jīng)濟(jì)循環(huán)到再生資源經(jīng)濟(jì)，不是簡單地理解為經(jīng)濟(jì)活動的形態(tài)發(fā)生轉(zhuǎn)變，根本性的應(yīng)是經(jīng)濟(jì)運(yùn)行機(jī)制的轉(zhuǎn)換，而經(jīng)濟(jì)運(yùn)行機(jī)制的轉(zhuǎn)換是以微觀經(jīng)濟(jì)主體行為（包括約束條件、決策目標(biāo)、均衡狀態(tài)）的變化、微觀基礎(chǔ)（經(jīng)濟(jì)主體之間的利益關(guān)系調(diào)整、經(jīng)濟(jì)組織形態(tài)的變化）、經(jīng)濟(jì)運(yùn)行條件（經(jīng)濟(jì)體制、產(chǎn)權(quán)、非正式規(guī)則）、產(chǎn)業(yè)技術(shù)支撐等為條件，實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)系統(tǒng)調(diào)節(jié)方式的創(chuàng)新、治理機(jī)制的演化，從而形成更具資源生產(chǎn)率的經(jīng)濟(jì)體系。這些將構(gòu)成經(jīng)濟(jì)增長方式轉(zhuǎn)變的基礎(chǔ)和關(guān)鍵。