再生資源經濟大系統中物質循環和能量流動受到自然規律與經濟規律的共同影響，穩態經濟理論、宇宙飛船經濟思想和物質平衡理論都體現了再生資源經濟系統的規模限制，強調資源的有限性以及資源的利用；整個經濟過程以及循環過程都受到熵增定律和“第四定律”的約束。100％的循環是無法實現的。而物質通量小化標準約束下的物質循環是再生資源經濟系統均衡與功能維持的重要途徑。再生資源經濟系統是生態子系統與經濟子系統結合而成的復雜的大系統。再生資源經濟大系統包括自然規律作用的自然過程和社會經濟規律的社會經濟過程。經濟系統看作是具有有限資源和環境容量的地球生態系統中的一個開放的子系統，人類社會經濟活動被看作是在經濟系統和生態系統所組成的再生資源經濟大系統內部，以物質（包括能量）的良性循環為載體或表現形式的、系統整體的結構和功能關系（資源提供、物質轉化、廢物吸納、生命支持、舒適性服務等）上的均衡與可持續性關系。也就是說，通過經濟系統與生態系統在物質、能量和信息的流動關系，來體現兩者之間在功能上的相互依存關系，從而把兩者在結構和功能上的協調、均衡與其內部物質的良性循環緊密地聯系在一起。

再生資源經濟大系統的均衡是經濟系統與生態環境系統的耦合與發展問題。首先，生態系統是生物和非生物環境之間進行物質和能量交換的循環系統。由于結構特征，生態系統具有自組織功能，即系統受到一定干擾后，經過一定時間可以自動恢復到平衡狀態。而經濟系統是以生態系統為載體的人類社會再生產系統，它必須不間斷地與生態系統進行物質和能量交換，才能維持自身的存在和發展。生態系統和經濟系統雖然各不相同，但兩者又有統一的一面。生態系統是經濟系統的物質基礎，是經濟系統排放物、逸散能的吸收者。但是在經濟的快速發展過程中，經濟系統的運行速度與生態系統的自我組織速度不相匹配，前者大于后者，結果造成兩個子系統的結構與功能出現了不協調的現象，兩者物質能量交換的平衡不斷被打破并呈現矛盾逐漸激化的趨勢，結果是既阻礙了經濟的進一步發展，也帶來了生態的嚴重失衡。再生資源經濟大系統均衡要求在生態環境承載能力范圍內，在生態環境系統良性發展的基礎上，實現經濟增長大化的同時依靠經濟增長為生態環境的改善提供物質技術保障，提高生態環境承載能力，為經濟的進一步發展提供空間，并通過科學的協調機制實現生態環境子系統與經濟子系統的良性耦合和結合，二者相互促進，共同發展，促進整個再生資源經濟系統的持續穩定健康運行。